Třicetiletá válka začala 23. května 1618 pražskou defenestrací. Pro vyšebrodský klášter, a zejména jeho poddané, začal dlouhý smutný čas, ve kterém nebraly konce dodávky a ubytování vojska, loupeže a plenění bez rozdílu, zda se jednalo o stavovská nebo císařská vojska. Již 5. července 1618 žádal plukovník jezdectva Ulrich von Kinský vyšebrodský klášter o 400 strychů ovsa pro vojenské koně. Takové žádosti, které byly spojovány s výhružkami, se opakovaly stále častěji. Bylo jasné, že vyšebrodský klášter a vyšebrodský průsmyk se stanou ubytovacím místem a střetem stavovských a císařských vojsk, a tak 3. října 1618 opustil klášter převor Andreas Pachmann s většinou vyšebrodských mnichů. Uchýlili se do bezpečí rakouských cisterciáckých klášterů. Opat Paul III. Farenschou a několik mnichů v klášteře zůstalo.
Dvanáctého listopadu 1618 byly České Budějovice obsazeny císařským vojskem maršála Karla Bonaventury hraběte Buquoye. Také v Českém Krumlově byla posádka císařského vojska a 18. listopadu 1618 psal z hornorakouského Leonfeldenu, ležícího několik kilometrů od Vyššího Brodu, hraběti Buquoyovi Rudolf z Oppenschtorfu, že jeho císařská vojska jen s námahou pronikla k vyšebrodskému průsmyku. Zde se Rudolf z Opperschtorfu dozvěděl, že do Vyššího Brodu každou hodinu přijde stavovské vojsko a zemská hotovost z Rožmberka. On sám musí ustoupit a maršála Buquoye nechť nikdo na tuto cestu neposílá.
Velitel stavovského vojska Jindřich Šlik opravdu 18. listopadu obsadil Vyšší Brod a ubytoval se ve vyšebrodském cisterciáckém klášteře spolu se čtyřmi kornety rejtarů a třemi korouhvemi pěšáků. To bylo 400 jezdců na koních a 700 pěšáků. Stavovské vojsko bránilo vyšebrodský průsmyk proti císařským vojskům jak z rakouské strany, tak i od Krumlova. Dne 19. listopadu 1618 žádal kapitán Buquoy o posilu pěti set mužů s tím, že obsadí všechny cesty do Rakous ve Vltavici, u Svatého Tomáše i u Vyššího Brodu. Jeho jednotky obsadily Vítkův Hrádek, který však 29. listopadu opustily. Císařská vojska několikráte zaútočila z Krumlova a koncem listopadu obsadila Rožmberk.
Z té doby se dovídáme, že Joschův mlýn byl vydrancován, Georg Lichtenberger z Rybářského dvora zabit, Weihmühle je označen jako prázdný statek a v Bystré vypukl požár. Zatímco Jiří Záloha i Miroslav Volf píší, že stavovská vojska opustila Vyšší Brod 29. listopadu 1618, Kaidl uvádí až 6. prosince. Stavovská vojska Jindřicha Šlika vystřídala císařská vojska, kde 300 jezdcům velel Schmolinský a spolu s ním přitáhl i hejtman Augustin Hock se dvěma prapory pěšáků a 200 jezdci. Obě jednotky císařské armády se ubytovaly ve Vyšším Brodě a v klášteře. Vzhledem k nejisté době se snažil maršál Buquoy za pomoci pasovského biskupa Leopolda získat vyšebrodského opata Paula III. Farenschau, aby opustil klášter a přesídlil na Krumlov. Ten však z cisterciáckého kláštera ve Vyšším Brodě neodešel.
Dne 3. prosince 1618 ráno mezi sedmou a osmou hodinou byla oddílem vojáků vypleněna vesnice Kamenná. Rozsekali truhly, vzali všechno oblečení a odehnali 84 kusů hovězího dobytka. Která armáda to byla, zda stavovská nebo císařská, to dopis plný nářků vyšebrodského opata neuvádí. Krutou zimu roku 1619 přežily obě válčící strany v relativním klidu, ale již 28. dubna 1619 zaútočila hornorakouská protestanská vojska pod vedením hejtmana Hohemecka, vytlačila císařské vojsko z vyšebrodského kláštera i z celého kraje, obsadila Rožmberk, loupila a plenila v celé krajině. Jak píše Sedláček, v květnu 1619 zaútočil maršál Buquoy na Rožmberk poprvé a „městečko vyplenil a vypálil“.
Hrad Rožmberk zůstal v květnu 1619 v držení stavovského vojska, ale při druhém útoku Buquoye v září 1619 se dva slezské praporce stavovské pěchoty vzdaly a císařští vojáci zde získali velkou kořist, zejména obilí. Porážka stavovského vojska v Rožmberku měla za následek i nucený odchod protestanského stavovského vojska z Vyššího Brodu. A tak v září 1619 se opět ve vyšebrodském klášteře střídají vojska. Nebylo to však nadlouho, neboť na přelomu let 1619 a 1620 přitáhlo do Vyššího Brodu stavovské vojsko, kterému velel Jindřich Šlik. Zmocnilo se Vyššího Brodu i kláštera a císařskému vojsku ukořistilo 42 vozů a především hotovost sedmdesáti tisíc tolarů. Německá kronika Vyššího Brodu na straně 134 poznamenává i ukořistění deseti tisíc kusů dobytka, ale toto číslo je určitě přehnané nejméně o jednu nulu. Stavovské vojsko Jindřicha Šlika ve vyšebrodském klášteře také dlouho nepobylo, neboť již 14. ledna 1620 neapolské vojsko vedené kapitány Mariem, Scipiem a Domenicem získalo Vyšebrodsko zpět a v klášteře se ubytovalo 300 neapolských pěšáků.
Smutkem, starostmi a soužením zmožený opat Paul III. Farenschou 23. ledna 1620 umírá ve věku 43 let. U jeho smrti byl přítomen jen převor Gangolph Scheidinger a dva klášterní kněží, když všichni ostatní mniši z kláštera odešli do bezpečí. Převor hlásil úmrtí opata ihned do Wilheringu a prosil wilherinského opata Georga Grilla, zda by mohl co nejdříve přijít, protože je nebezpečí, že by vojáci mohli klášter zplundrovat, kdyby se o smrti opata dozvěděli. Wilherinský opat ihned přispěchal a konal smuteční slavnost za zemřelého opata, který byl pohřben před schody presbiteria. Posledního ledna 1620 požádal císaře Ferdinanda II., aby směl uspořádat volbu opata co možná nejdříve. O smrti vyšebrodského opata se dověděl také generální vikář Georg Urat a ten požádal o řízení volby opata Vyššího Brodu pro sebe. Došlo k delšímu jednání, které skončilo tím, že volba se konala až 9. června 1620 za vedení Georga Grilla z Wilheringu. Sedmadvacátým vyšebrodským opatem byl zvolen převor Gangolph Schneidinger, který byl 10. června 1620 uveden do funkce. To však již 11. dubna 1620 vystřídali neapolské vojáky v klášteře Valoni s kapitány Petrem Freyem a Karlem Dankartem. Šest dní po volbě opata Scheidingera, o Božím těle, byl farář v kostele rozsekán na kusy právě předtím, než chtěl uspořádat sváteční procesí a celé kostelní zařízení bylo zničeno.
Třetího srpna 1620 zaslal opat Gangolph Scheidinger prosebnou žádost na císařského generála Dona Balthasara proti zlému zacházení s hořickými poddanými. Hejtman Georg Bartinuji zapřahal lidi k oslům do vozů, strašně je bil, ničil jim skříně. Opat prosil generála, aby jmenovanému vytkl neslušné chování, aby ubozí poddaní mohli v prázdných domech a dvorech zůstati. Do 25. září 1620 musel klášter dodat v hotovosti nebo naturáliích 7 197 zlatých. A jako by té krutosti nebylo dost, například Driesendorf byl pouze za léta 1619 a 1620 dvanáctkrát zpleněn vojsky. Po četných bojích obsadila císařská vojska celé jižní Čechy a vývoj událostí skončil bitvou na Bílé hoře.
Ale ještě předtím, 6. února 1620 vydal císař Ferdinand ve Vídni list, kterým maršálu Karlu Bonaventurovi Buquoyovi za jeho služby daruje dědičně „statky Rožmberk, Nové Hrady, Libějovice, Žumberk spolu s dílem Chvalkovským a Cuknštein“. Pokoje na nově získaných statcích však Buquoy neužil, neboť při obléhání Nových Zámků v roce 1621 zemřel. Léta 1621 až 1623 byla na Vyšebrodsku klidnější, a tak se postupně do vyšebrodského kláštera vraceli uprchlí cisterciánští mniši.
Avšak již 7. ledna 1624 se do vyšebrodského kláštera nastěhovala setnina vojáků, kterým velel bavorský hejtman Hermann Wippart. Nejdříve přijelo 300 dragounů a později k nim přibylo dalších 200 pikenýrů a mušketýrů. Druhého července 1624, poté, co Wippartse se svým vojskem odešel z kláštera a z Vyššího Brodu, líčil opat Gangolph Scheidinger ve svém obžalovacím listě bavorskému zemskému soudci činy tohoto velitele a jeho vojáků. Mimo jiné píše: „Ačkoliv mu poddaní dávali všechno, co žádal, přesto byli častováni ranami a bitím. Ženy a dívky nepřirozeným způsobem ostouzeny a lidé byli vysáváni, že si mohli dopřát jen chleba z otrub. Svým kaprálům poroučel Wippart zapalovat domy, když nemohli sedláci plnit dodávky pro vojsko“. Tomu nebylo dost, a tak 9. června 1624 o půlnoci vojáci zapálili Vyšší Brod, vsedli na koně a namířenými pistolemi odháněli lidi, kteří chtěli hasit a křičeli: “Musí se zapálit i z další strany a nechat je k čertu vyhořet“. Vojáci vytrhali vodovodní potrubí z kašen a vodovod ucpali hlínou. Tak lehlo popelem sedmnáct usedlostí se vším uvnitř a vznikly škody za devět až deset tisíc zlatých. Dne 13. listopadu 1624 byl Hermann Wippart zatčen v Schördingu nad Innem. Od 19. října 1624 do 15. února 1625 byl ve Vyšším Brodě posádkou plukovník Laurenz von Medici se svými dragouny. Dohromady měl však jen 23 koní.
Za třicetileté války vypuklo v sousedním Rakousku povstání lidu vedené nejen sedláky, ale i měšťany. A tak v červenci 1625 přišla do vyšebrodského kláštera setnina pěšáků a asi třicet jezdců pluku Hanse Preinera. Veliteli byli hejtmani Oxl a Reibitz. Z korespondence opata Gangolpha Scheidingera se dovídáme, že v klášterních vesnicích bylo ubytováno přes 180 koní, „ačkoliv jsou tam chudí sedláci“. Povstání však bylo brzo potlačeno, v listopadu 1626 likvidováno a účastníci povstání byli krutě potrestáni. V roce 1627 způsobili Bavoři ubytovaní v rakouském Leonfeldu na rychtě Kapličky u Vyššího Brodu loupeží a pleněním škodu 1.804 zlatých.
Vyšebrodský opat Gangolph Scheidinger nepoznal v době, kdy byl opatem, ani jediný den míru, neboť umřel 23. března 1631. Ani nově zvolený, osmadvacátý opat Georg II. Schroft se konce třicetileté války nedočkal. I když třicetiletá válka zdaleka ještě nebyla u konce, již nyní zahynulo mnoho obyvatel. Byly vypleněny a vydrancovány vesnice, řada domů byla zbořena nebo zůstala opuštěna. Válka narušila hospodářství a mnoho lidí přišlo o veškerý svůj majetek. Zemí a krajem šel hlad, bída a utrpení.
Další velké strádání na Vyšebrodsku přišlo od roku 1632. Tehdy procházely krajem velké vojenské jednotky a další povinností kláštera bylo v Budějovicích živit dva tisíce dvě stě vojáků. Od 24. ledna 1633 se ve vyšebrodském klášteře, ve Vyšším Brodě a v okolí ubytovalo vojsko plukovníka hraběte z Rittbergu s 624 koňmi. V dopise z 31. dubna 1635 líčí vyšebrodský opat Georg II. Schroff vizitátorovi Johanu Greifenlelsovi pochmurný válečný obraz kláštera a kraje, kdy se stalo Vyšebrodsko shromaždištěm pluku Galli de Hasschen a osm set vojáků spotřebovalo veškeré obilí. V roce 1636 bylo na území vyšebrodského kláštera již sedmdesát sedm zpustošených selských dvorců a následujícího roku potvrdila vojenská kontrola, že 236 poddaných kláštera Vyšší Brod nemůže již plnit další vojenské dodávky potravin. Proto císařský generál Don Balthasar z Marradasu 26. června udělil území vyšebrodského cisterciáckého kláštera takzvaný „Saloagnardia“, kterým osvobodil od dalších vojenských dodávek a ubytování vojska. Přesto obsadil 6. března 1640 plukovník jízdy Kinský setninou dragounů Vyšší Brod a setrval zde až do 21. dubna 1640. Toho dne byl ve Vyšším Brodě i císařský polní maršál Caretto von Millesimo, který písemně zbavil klášter jakéhokoliv dalšího ubytování vojsk. Nehledě na tento rozkaz nacházíme ve vyšebrodském klášteře ještě v roce 1640 ubytované dělostřelectvo a roku 1641 jednotku hraběte Piccolominiho. A tak 3. října 1642 vystavil v Praze vyšebrodskému klášteru již třetí „ochranný glejt“ polní maršál Rudolf von Colloredo, hrabě z Wallsee. Ještě předtím, dne 11. srpna 1641 rezignoval opat Georg II. Schroff na svoji opatskou hodnost a 22. října zemřel.
Není divu, že volba nového opata, který již jako čtvrtý nastupoval do válečného stavu, nebyla jednoduchá, ale nakonec byl zvolen devětadvacátým vyšebrodským cisterciáckým opatem teprve jedenatřicetiletý Georg III. Wenddschuh, který se narodil v Třeboni. Také vyšebrodští rychtáři od počátku třicetileté války byli čtyři. Paul Dürmüller, Christopt Kader, Johann Weimann a Georg Martetschläger. Od roku 1608 byli ve Vyšším Brodě primátoři, a tak si připomeneme i jejich jména od počátku třicetileté války. Simon Malschinger, Simon Mader, Balthasar Haider. Zatím co primátor byl starostou Vyššího Brodu, tak rychtář měl na starosti okolní přilehlé obce.
Dne 26. července 1645 přišlo do vyšebrodského kláštera a blízkého okolí císařské vojsko vedené poručíkem Matthiasem Gallasem „v síle několika pluků“. Protože pluk míval v té době kolem tisíce vojáků, nelze se divit tomu, že vojáci spotřebovali celou novou úrodu, a když nebyly 30. srpna v kraji žádné potraviny, tak císařské vojsko Gallase odtáhlo pryč“.
Tažení Švédů do Čech překonala svou ničivostí všechny předchozí válečné události. Dne 9. května 1648 přišlo do Vyššího Brodu od Hummenistriského pluku 230 pěšáků, 12. května 1648 bylo ve Studánkách ubytováno 92 dělostřeleckých koní, v červnu 1648 přitáhl Petr Jobst od Götzského pluku se svou četou a 31. července 1648 přitáhl celý Büchheimský pluk. V srpnu 1648 přišlo do vyšebrodského kláštera lucemburské dělostřelectvo a další vojáci byli v Mlýncích, Drkolné, Horním Přísahově a Studánkách. Během celého září 1648 pochody pokračovaly. Dne 20. září 1648 veronská jednotka, která až dosud také tábořila ve Vyšším Brodě, odtáhla směrem k Rožmberku, brzy se však ze strachu před nepřítelem vrátila. Švédové vyrazily proti císařským vojákům od Kraví a Olivové hory a Büchheimský trén prchl. V půl páté odpoledne 20. září 1648 přijelo prvních osm švédských kyrysníků před klášter do Vyššího Brodu. Vynutili si otevření brány a vzali z kláštera dvanáct koní. Po nich přišlo dvě stě švédských vojáků. Chtěli se zmocnit opata Wendschuha, ale ten uprchl přes Loučovice do rakouského Lince. Generál Wirttenberg prý prohlásil, že pokud mu vyšebrodský opat padne do rukou, tak z něho „vyrazí tolik tisíc dukátů, kolik má opatských infulí“. V následující den, 21. září 1648, však přijal v Krumlově Alfwed Wirttenberg pod švédskou ochranu všechny kláštery, které spadaly pod krumlovské panství. Švédové rovněž vypálili Rybářský dvůr a Studánky. Ačkoliv vesfálský mír byl uzavřen již 24. října 1648, ve Vyšším Brodě se slavila děkovná bohoslužba teprve roku 1651, protože „ještě dlouho pokračovaly průjezdy vojsk“.
Zdroj: archiv Františka Schussera
