Během třicetileté války, 11. srpna 1641, rezignoval na svou funkci 28. opat Georg II. Schroff a 10. listopadu téhož roku umírá. Po rezignaci Schroffa nastal mezi vyšebrodskými mnichy zmatek, protože nikdo nenašel vhodného kandidáta nového opata. Tak se stalo, že 25. srpna 1641 při prvé volbě, se hlasy mnichů rozdělily mezi sedm kandidátů. Při druhé volbě se však „zvláštním způsobem“ sjednotili všechny hlasy na teprve jednatřicetiletém páteru Georgu Wenschuhovi, „který byl pro svou přísnost ze všech nejobávanější“.

V roce 1627 měl císař Ferdinand II.  propůjčit biskupům a opatům hlas ve sněmovně. Vyšebrodský opat Georg III. Wedschuh brzy po své volbě žádal o propůjčení hlasu ve sněmovně. Kníže z Eggenbergu protestoval a tvrdil, že „klášter ve Vyšším Brodě není stavu přiměřený a byl přidružen ke krumlovskému panství podle darovací listiny z 22. prosince 1622.“ Dominik Kaidl další průběh sporu tak, že opat Georg III. Wedschuh prokazoval, že „Eggenbergům bylo propůjčeno jen právo ochrany kláštera Vyšší Brod. Ačkoliv se opat obracel ke všem instancím, také na arcibiskupa pražského, nemohl nic prosaditi a sněmu nedosáhl.“ Kníže Eggenberg si tak zachoval právo zacházet s klášterem Vyšší Brod jako součástí panství Krumlov.

Daně a dávky musely být znovu odevzdávány do Krumlova a ne přímo do Prahy. Kníže Eggenberg také netrpěl, aby se bez jeho vědomí v klášteře Vyšší Brod konaly vizitace a nárokoval si pro nadcházející volby opatů svůj souhlas. Tak se stalo, že „opat Wenschuh a po něm všichni opati Vyššího Brodu se snažili dosáhnout u císaře odloučení kláštera z panství Krumlov.“ Přesto bylo jejich snažení, které mimochodem stálo mnoho peněz, až do roku 1822 marné.

Těžké boje mezi Eggenbergy a vyšebrodským klášterem pokračovaly za 31. vyšebrodského opata, kterým byl Johann IV. Clavey a na druhé straně byl kníže Johann Christian Egennberg, který „23. června 1669 přikázal opatovi dodávat z klášterního vyšebrodského pivovaru pivo pro Hořice a své obce v okolí Budějovic.“ Opat rozkaz knížete neuposlechl a odvolal se k místodržitelství do Prahy a tím k císaři. Totéž učinil kníže Eggenberg, „takže se spor protáhl bez rozhodnutí až do roku 1675, kdy 24. července uznal císařský dvorní výnos knížeti právo vaření piva navždy.

Stejně neúspěšné byla snahy opata Claveye o osvobození panství kláštera Vyšší Brod od pánů z Krumlova. Kníže Eggenberg se vždy odvolával na darovací listinu z roku 1622 “takže všechny snahy opata zůstaly marnými“. Když 22. listopadu 1687 zemřel opat Johann IV. Clavey, došlo k dlouhým jednáním mezi opatem z Welheringu a knížetem Johannem Christianem z Eggenbergu. Při volbě opata 31. ledna 1688 byl zvolen 32. opatem Franz Wendschuh. Spory mezi klášterem a Eggenbergy pokračovaly a 19. července 1690 dosáhl klášter prvého úspěchu, když dvorní dekret zapověděl hraběti z Eggenbergu vměšování do nové volby opata ve Vyšším Brodě, „protože opat podle císařského nařízení musí být potvrzen císařem“.

Volba 33. opata vyšebrodského kláštera se konala 27. srpna 1690 a opatem se stal Bernhard Hartinger, který se znovu pokusil o křeslo v zemském sněmu a nabytí celkového odloučení kláštera od panstva v Krumlově. K dosažení křesla v zemském sněmu bylo podmínkou odloučení. Opat Bernhard Hartinger poukazoval na to, že vyšebrodskému opatovi patří hlas a křeslo v zemském sněmu podle nového zemského uspořádání z roku 1627.

Šestého listopadu 1690 vyzval dvorský výnos pražského arcibiskupa, aby se vyjádřil, zda opat z Vyššího Brodu je skutečně schválený duchovní hodnostář. Na základě kladné odpovědi arcibiskupa z 2. prosince 1690 bylo „opatovi Vyššího Brodu a všem  jeho následníkům 30. dubna 1691 křeslo v zemském sněmu propůjčeno“. Dvacátého sedmého září 1694 vyrozuměl výnos místodržitelství opata a konvent Vyššího Brodu, že podle dvorního dekretu ze 7. září 1694 „všechny daně a dávky jako dosud mají být činěny Krumlovu a že hraběti přináleží také soudní pravomoc nad poddanými kláštera.“

Zdroj: archiv Františka Schussera