Velké strádání přišlo po roce 1632, kdy krajem, Frymburkem a okolím procházela velká uskupení vojsk. Mimo jiné se na Vyšebrodsku ubytovalo vojsko plukovníka z Rittbergu s 624 koňmi. Potom přišel pluk Galli de Hasschen a osm set vojáků „spotřebovalo veškerou novou úrodu.“ To vše se stalo za frymburského plebána Jana Widmanna. Po něm v roce 1634 přišel na frymburskou faru další premonstrátský mnich Herman Huetter. Za jeho působení na frymburské farnosti došlo k nejhorším událostem za třicetileté války ve Frymburku a okolí. V červenci 1645 sem přišlo císařské vojsko v síle „několika pluků.“ Pluk v té době měl kolem tisíce vojáků a tak se nelze divit, „že vojáci spotřebovali celou novou úrodu a když nebyly koncem srpna 1645 v kraji žádné potraviny, tak císařské vojsko odtáhlo pryč.“
To nejhorší z celé třicetileté války přišlo nakonec. Tažení Švédů překonalo svou ničivostí všechny předchozí události. Do kraje přišli v květnu 1648 a v srpnu 1648 sem přitáhlo i lucemburské dělostřelectvo. „Brali i tam, kde již nebylo co brát,“ výstižně poznamenal mnich z cisterciáckého vyšebrodského kláštera. V době prvého nájezdu Švédů do Frymburku a okolí utekl z Frymburku do Schläglu farář Herman Huetter. V srpnu 1648 přišli do Frymburku a okolí švédští kyrysníci, kteří nejen vyrabovali kostel v Přední Výtoni, ale především vypálili farní kostel sv. Bartoloměje ve Frymburku a spolu s ním i zdejší faru. Z několika dalších pramenů bezpečně víme, že Švédové byli ve Frymburku a okolí od 9. května do 20. září 1648. Jak se píše ve frymburské farní pamětnici: “Probošt Martin Greysing ze Schläglu shledal v roce 1649 kostel i faru ve Frymburku zničené.“
Fotogalerie:
Bylo štěstí, že v roce 1648 ve Schläglu pracovali italští kameníci pod vedením italského stavitele Cipriana Novo. Tito kameníci spolu se svým stavitelem přišli na jaře 1649 do Frymburku a „z popela od základů obnovili kostel ke slávě svatého Bartoloměje.“ Z kostela z roku 1530 zůstalo jen kněžiště se síťovou klenbou. Žebra kněžiště se sbíhají dodnes v podélné ose klenby v osmi malých hladkých svornících a nad závěrem kněžiště je větší svorník, na jehož plochém reliéfu je vytesána pětilistá růže. Původní strop chrámové lodě, který byl z dřevěných trámů, spolu s vnitřním vybavením zcela vyhořel. Italští stavitelé na toskánské pilastry vybudovali valenou klenbu, která má jedenáct metrů výšky, tedy stejně, jako původní kněžiště. Věž měla barokní báň, která vydržela až do roku 1859.
Mistrnou prací italských kameníků je především sanktuář, který je ukončen šestistranným krakorcem a štítové pole nad středem sanktuáře zdobí ploše vytesaný kříž a pětilístek. Obnovu frymburského kostela připomíná pamětní deska s kartuší z červeného mramoru, která je zazděna nad severním vchodem do kostela. Oznamuje, že Martin Greysing „dal loď, oltáře a věž od základu vybudovat.“ Letopočet 1652 připomíná, kdy byla obnova ukončena. Celá stavba stála 3253 zlatých. Z této částky se podílel klášter ve Schläglu 1151 zlatými, frymburská fara částkou 1121 zlatých a mezi farníky se vybralo 981 zlatých. Je až s podivem, jak mohla být tato obnova frymburského farního kostela sv. Bartoloměje po dlouhých letech třicetileté války financována.
Zdroj: archiv Františka Schussera