Kostel zde byl již před rokem 1270. V tomto roce věnuje Vítek z Krumlova kostel benediktinskému probošství v Zátoni u Českého Krumlova. V roce 1277 je zde písemně připomínán první frymburský kněz Prebiziaus. Od roku 1301 je zde farářem Ulrich Wosner a 29. května 1305 přechází farnost pod klášter premonstrátů v rakouském Schläglu, kde byla až do roku 1946. Zajímavé je však ustanovení Jindřicha z Rožmberka, že „frymburská fara má vždy zůstat u země České, diecéze pražské, pod panstvím Rožmberků“. Věnování z 29. května 1305 však nezůstalo beze sporu, který byl definitivně vyřešen až v roce 1317, kdy se benediktini definitivně vzdali frymburské fary.

Fara postupně získala dary v roce 1315 frymburský mlýn a později právo rybolovu. Frymburské farnosti se na rozdíl od ostatních farností Vyšebrodska netýkal interdikt papeže Pavla II. z roku 1468, a tak „plebán Johannes tomu všemu nemohl stačit a byla povolána posila ze Schläglu. Chodilo se i do Rožmberka a do Krumlova“. U frymburské fary byla elementární škola nejpozději od roku 1474. Zanikla až v roce 1777, kdy vstoupila v platnost povinná školní docházka. Farní pamětnice říká, že „plebán Martin Plicker byl zabit a faru obsadili protestanté“. Potlačení protestantů ve Frymburku a okolí nastalo v letech 1586 až 1593. Smlouva o vyslání kaplana je z roku 1763, klášter ve Schläglu žádosti vyhověl a v roce 1765 do frymburské fary vysílá kaplana Kašpara Langera. V roce 1868 začal vleklý spor mezi farou a měšťany, který byl ukončen až v roce 1879. Od roku 1879 byla frymburská fara povýšena na děkanství a prvním děkanem byl Eduard Wirmsberger. Svaté biřmování provedl ve Frymburku českobudějovický biskup J. V. Jirsík 6. června 1880 a v roce 1885 zde byla misie. Při misiích se vyzpovídalo 3056 osob, které přijali svaté přijímání.

Fotogalerie:

Frymburský farní kostel svatého Bartoloměje byl na počátku 16. století přestavován a přestavba byla ukončena v roce 1530. V té době však měla loď kostela dřevěný strop. V srpnu 1648 vypálili švédští kyrysníci kostel a spolu s ním i faru. Klášter ve Schläglu začal s opravou farního kostela a fary na jaře 1649, která skončila v roce 1652. Celá obnova vypáleného kostela stála 3253 zlatých. Z této částky zaplatil klášter ve Schläglu 1151 zlatých, frymburská fara 1121 zlatých a farníci 981 zlatých. V roce 1662 dokončil řezbář Jan Worath raně barokní oltář. Zřetelným výrazem řezbářského díla Jana Woratha jsou typicky sličné, poněkud jednotvárné tváře s výraznýma očima, vyčnělými lícními kostmi, tenkým nosem a svislými koutky úst. Další zhoubný požár přišel v roce 1866. Shořela střecha kostela i fara a hospodářské budovy fary. Obnova byla ukončena koncem září 1867. Osmého června 1870 bylo započato se stavbou špičaté věže farního kostela. V roce 1891 byly vysvěceny nové varhany, které zhotovil Lachmayr z Urfähru. Stály 1400 zlatých. V roce 1892 byly opraveny lavice, kazatelna a boční oltáře. V roce 1894 byly do kostela pořízeny obrazy křížové cesty. Namaloval je Josef Maške. Obrazy bez rámů stály 160 zlatých a rámoval je rámař Elientzinger v Linci za 200 zlatých. Ve stejném roce byla do kněžiště osazena tři malovaná skleněná okna. Poslední opravy farního kostela jsou prováděny postupně po roce 1990.

V době vikariátu Vyšší Brod patřily pod farnost Frymburk  obce a osady Hruštice (Wadetstift), Kovářov (Schmiedschlag), Milná (Mühlnöd), Hrdoňov (Heinrichsöd), Blatná (Platten), Posudov (Stüblern), Svatonina Lhota (Wadetschlag), Náhlov (Nachles), Slupečná (Lupetsching), Lipno (Lippen), Kobylnice (Goblenz), Plískov (Stockern), Studené (Studene), Moravice (Morawic), Frýdava (Friedau) a Mýtina (Wangetschlag). Městys Frymburk měl 117 domů a 952 katolíků. Šestnáct obcí a osad frymburské farnosti mělo dalších 232 domů a 1797 katolíků. V roce 1870 tedy bylo ve farnosti Frymburk 350 domů a 2749 katolíků.

Zdroj: archiv Františka Schussera