Po Vilémově smrti Petr Vok z Rožmberka změnil platby z vyráběného piva. Z každého sudu, který měl objem 248 litrů, platil rožmberský městský pivovar šest míšenských krejcarů. Zřejmě v té době panský rožmberský pivovar v Rožmberku již značně zchátral a tak „5. junii, v outerý po neděli Exaudi, Andreas Rott, hejtman rožmberský, nařízením pánův regentův dal stavěti v Rožmberce pivovar a mlejn na pět kol, vše podle sebe, nebo koupeni byli k tomu dva zpustované domové. A také v starém pivovaře velmi nebezpečně pro oheň várky dělány. S Vlachem od sáhu zdi smluveno po 20 groších“.
Třicetiletá válka zasáhla tvrdě i do pivovarů v Rožmberku. „ Za válečných akcí vznikly škody na budovách a zařízení pivovaru, drahota a nedostatek surovin ochromovaly provoz a s úbytkem obyvatel klesl odběr piva.“ Po roce 1620 převzali spolu s hradem a panstvím i „hradní pivovar“ v Rožmberku Buquoyové. Třicetiletou válku lépe přežil hradní pivovar než měšťanský. Město Rožmberk, zbavené za úpadku řemesel a živností, udržovalo výrobu piva jen s obtížemi. V roce 1621 se v měšťanském pivovaru vařilo 235 čtyřvědrových sudů a o dva roky později, v roce 1623 již jen 81 čtyřvědrových sudů. Jeden čtyřvědrový sud měl obsah 248 litrů piva. „Nebyly peníze na nákup surovin, nedařilo se suroviny sehnat a měšťané se i báli riskovat, aby pro potíže s odbytem nemuseli vyrobené pivo se ztrátou rozdat.“
Přesto byl prodej piva jediným spolehlivým zdrojem příjmů v hospodaření města při splácení dluhů a k úhradě kontribucí. Aby co nejvydatněji využili tohoto zdroje, tak při „kontribučních várkách“ se vařilo pivo „ve vlastní režii.“ Postupně se však stalo toto nouzové řešení trvalým. V roce 1628 zvýšil Buquoy posudné z dřívějších 6 míšenských grošú na 8 „a nedbal protestů, které se proti tomu zvedly mezi měšťany.“ Další zvýšení posudného nastalo po skončení třicetileté války v roce 1654, kdy se již za čtyřvědrový sud platila kopa míšenských grošů. Od roku 1669 stanovil Buquoy pro město Rožmberk paušální odvod za vaření piva 150 rýnských zlatých ročně. Protože Rožmberk tuto částku nebyl schopen pravidelně platit, byla mu později „cestou milosti“ snížena na 120 zlatých. Město Rožmberk se především hájilo tím, že „městská rada platí klášteru Vyšší Brod jen sto rýnských zlatých ročně.“
Když se po třicetileté válce zjišťovaly v berní rule podklady pro nové zdanění, byla zapsána stížnost na poměry v pivovarnictví, které bývalo „klenotem města.“ Na rozdíl od městského pivovaru se zmáhal „hradní“ pivovar v Rožmberku rychleji. Bylo to především tím, že se zde snáze, rychleji a laciněji prováděly stavební úpravy, práce vykonali poddaní v robotě a zdarma dovezli, co bylo v pivovaře zapotřebí. Významné bylo i to, že jim poddaní museli dodávat obilí, které sklidili na svých polích, takže obilí ke skladování nemusel shánět na trhu.
Stav, v jakém se nacházely oba pivovary v Rožmberku na počátku 18. století, jsem zjistil ve spisech pražského úřadu „deputovaných pro solné, pivní a vinné důchody,“ který spravoval řádnou i mimořádnou daň z piva a měl proto přehled o všech pivovarských podnicích. Cena piva se v průběhu let měnila podle situace na obilním trhu. Patentem z roku 1703 bylo stanoveno, že se má prodávat čtyřvědrový sud za 9 zlatých, ale již v roce 1710 stál stejný sud 10 zlatých. Cena 10 zlatých za čtyřvědrový sud platila i v roce 1712. „Panský,“ tedy pivovar Buquoyů v Rožmberku v roce 1712 při jedné várce vyrobil 10 čtyřvědrových sudů piva a celkem za rok 1712 vyrobil 330 čtyřvědrových sudů. Městský pivovar v Rožmberku v roce 1712 při jedné várce vyrobil 7 čtyřvědrových sudů piva a za celý rok 1712 byla jeho výroba 224 čtyřvědrových sudů. Matematicky lze tedy určit, že panský pivovar měl v roce 1712 celkem 33 várek a městský pivovar stejné množství. V létě, „když bylo horko a více se pivo pilo, tak se vařilo každý týden a v zimě méně.“
Zdroj: archiv Františka Schussera