Místní správní komise v Hrudkově začala pracovat 15. června 1945 ve složení František Mach, František Fixa a Antonín Havel. Všichni tři museli po Mnichovu opustit svůj domov a vrátili se do obce hned, jak to bylo možné. Ještě předtím nacistického starostu Schicka vystřídal Sonnberger, který byl v roce 1938 vězněn. Odešli francouzští zajatci i Ukrajinci, kteří zde byli na nucených pracích u německých statkářů, když jejich hospodáři odešli na frontu. Byl zde i velký zajatecký tábor maďarských vojáků, kteří bojovali na straně nacistů a krajem se vcelku volně pohybovali odzbrojení němečtí vojáci, pro které válka již skončila porážkou. V té době měl Hrudkov „starý a nový“ Hrudkov, Lachovice, Horní a Dolní Přísahov a Kleštín. Celková výměra obce byla 1263 ha a z toho 404 ha lesů. Místní správní komise vyhlásila povinné odevzdání rádio přijímačů u všech Němců a dále byl vyhlášen zákaz porážet domácí zvířata. Němci obdrželi potravinové lístky a museli nosit na oděvu bílou pásku s písmenem „N.“ Také byly měněny německé peníze za české. Dle německých pramenů přicházeli v roce 1945 do obce čeští horníci z Kladenska.
Na počátku roku 1946 se situace v obci začala vyhrocovat, když se stávající němečtí obyvatelé dozvěděli, že budou na základě Postupimské dohody vítězných mocností a Benešových dekretů odsunuti do Německa a Rakouska. Zachovaly se pouze doklady ze „starého“ Hrudkova, odkud bylo odsunuto od 2. června do 22. října celkem 57 Němců. Sípal uvádí, že z Hrudkova bylo odsunuto čtyři sta Němců. Při posledním předválečném sčítání měl Hrudkov celkem 375 obyvatel. V té době tedy došlo k úplné výměně obyvatelstva, krom českého „nového“ Hrudkova. Dle zápisů českého kronikáře Sípala, nebylo odsunuto 12 Němců. Zajímavá věta je v německých materiálech o obci Hrudkov z doby kolem odsunu: „Vůdčí osobností té doby v Hrudkově byl tenkrát komisař František Mach, komunista, pozdější předseda Místního národního výboru. Podle všeobecného mínění byl to člověk pracovitý a spravedlivý.“ Odsunutí Němci se později nechávají slyšet, že byl ze všech českých komisařů nejschopnější a nejlidštější.
Ve volbách v roce 1946 byl za předsedu obce potvrzen František Mach, který byl strojvůdcem stejně jako i František Vacek a Antonín Havel. Další člen MNV Tomáš Hanžlík byl „jen železničář.“ Dvanáctého ledna 1949 Havla a Vacka vystřídali tesař František Fixa a poštovní úřednice Anna Honetschlägerová. Další změny ve složení MNV Hrudkov nastaly i v roce 1950, kdy nově přišli Josef Turek, Tomáš Koclíř, František Myslivec, Antonín Toncar a František Janů.
Po odsunu Němců zůstaly v obci Hrudkov některá zemědělská stavení prázdná. Dolní Přísahov se vůbec nedosidloval a byl od počátku určen k demolici, v Horním Přísahově byly dosídleny jen dva statky a v Kleštíně byly obydleny také dva statky. Dle přídělových litin Pozemkového fondu z roku 1946 byly českým dosídlencům přidělovány výmšty 11 až 15 ha pozemků. Mezi zemědělskými přídělci byly i rodiny Tomkových, Doubravových, Koclířových i Myslivec a Homolka. V roce 1950 bylo v obci 170 kusů skotu a jen 10 prasat. Mnohé může i zajímat hlášení hostinského Františka Říhy, že ve stejném roce 1950 bylo v hospodě vypito 268 litrů alkoholu včetně vína.
V roce 1950 byla v obecních lesích provedena těžba i výsadba nových stromků. Komunisté 15. srpna 1950 založili Jednotné zemědělské družstvo druhého typu. Správa dvora Kravín zavedla odchov telat a přímo ve dvoře vybudovala teletník. Zemědělské práce byly téměř výhradně prováděny koňmi a sekání ruční kosou.
19. ledna 1951 založilo 29 občanů Hrudkova Sbor dobrovolných hasičů a velitelem se stal Josef Kaňka. V červnu 1951 byl dokončen nový betonový most přes Vltavu u nádraží Vyšší Brod – klášter. Pak byl pro dopravu uzavřen starý most pro povozy. V červenci 1951 byla zahájena stavba silnice od nádraží ke staveništi sídliště. Do konce roku 1951 bylo postaveno 9 budov. Auty byl dopravován materiál i v noci. Jedenáctého listopadu 1951 převzal hostinec „U Říhů“ podnik, který hospodařil na Lipnesku a výčepní doba byla od 10 do 24 hodin. V letech 1951 – 1956 bylo všem dvanácti německým občanům z Hrudkova, kteří nebyli odsunuti, uděleno československé státní občanství. V roce 1952 je poprvé uváděna myslivecká společnost Hrudkov, která mimo srnčí uváděla i zajíce, tetřívky, koroptve a bažanty. Ze škodné je uváděna liška, kuna, jezevec, tchoř a lasička. Z dravců jsou uváděni jestřáb, krahujec, káně lesní i rousné a často je zde vidět orla říčního. V tomto roce žilo v obci Hrudkov 435 obyvatel. Obecní knihovna v Hrudkově byla založena v roce 1947 a na konci 1. března 1953 evidovala knihovnice Božena Cipínová 350 knih.
Od roku 1952 byl na Hrudkově státní statek a jeho ředitelem byl Karel Palma, který v srpnu znárodnil hospodářství manželů Doležalových v Lachovicích a další zemědělská stavení v obci. V roce 1953 byla zahájen stavba dvou kravínů v Hrudkově a státní statky zde obhospodařovali prakticky veškerou zemědělskou půdu. V roce 1953 pokračovaly práce na výstavbě sídliště, kam se začali stěhovat zaměstnanci přehrady Lipno, zejména jeho části Lipno II, kde začala vlastní stavba vyrovnávací hráze 15. září 1953. Na sídlišti byla otevřena prodejna potravin a kulturní dům. Řada dalších plánů MNV však v té době skončila pod stolem nebo v šuplíku.
Stálým problémem byly demolice. Ministerstvo zemědělství provedlo prověrku zemědělských usedlostí a okresní národní výbor v Kaplici vydává řadu demoličních výměrů. U většiny demoličních výměrů je termín do 30. června 1959. V samotném „starém“ Hrudkově bylo zbouráno 8 statků a se zemí byly srovnány Dolní Přísahov, Kleštín, Hlásná a bourala se i řada domů v Lachovicích a v Horním Přísahově.
V roce 1957 byl dlouholetý předseda MNV Hrudkov František Mach vystřídán Františkem Fixou a do MNV bylo dále zvoleno 12 dalších členů. Na přelomu let 1958 a 1959 byla dokončena výstavba vyrovnávací přehrady Lipno II. Jak napsal profesor Jan Hondlík: „To již nový přední Hrudkov přerostl přes hlavu starému, zadnímu Hrudkovu.“
Tečkou za historií samostatné obce Hrudkov je 30. červen 1960, kdy je obec připojena k městu Vyšší Brod.
