Po skončení první světové války ležela trať na sporném území, na které si vedle Československa činilo nárok i Rakousko. Dne 5. 11. 1918 převzalo dráhu přes rakouský protest Ředitelství čs. státních drah v Plzni, ale již 16. 11. 1918 byla opět nastolena rakouská správa. Sporná oblast byla dne 6. 12. 1918 obsazena československým vojskem, ale součástí našeho území se definitivně stala až mírovou smlouvou ze Saint Germain-en-Laye dne 10. 9. 1919. Společnost vlastnící dráhu dostala český název "Vyššebrodská místní elektrická dráha, akciová společnost ve Vyšším Brodě." Jejím předsedou se stal velkoprůmyslník Evžen Porák. Provoz zajišťovaly ČSD, trať podléhala Ředitelství státních drah v Plzni. Veškeré nápisy na drážním zařízení, dosud pouze v německé řeči, byly vyměněny za česko-německé. Za velké povodně v roce 1920 došlo ze značným škodám i na místní dráze, které byla odplavena část vrchní stavby v úseku Sv. Prokop - Lipno. V roce 1922 došlo v elektrárně Horní Mlýn k náhradě původní akumulátorové baterie novou baterií stejných parametrů. Tato elektrárna, která zůstala nadále majetkem kláštera, byla pronajata firmě Felix Lechner z Prahy, se kterou v roce 1924 uzavřela dráha smlouvu o dodávce elektrické energie. Staré podpěry z modřínového dřeva se podle potřeby nahrazovaly novými sloupy borovými. Ty byly buď přímo vetknuty do země, nebo upevněny na ocelové konstrukci ze starých kolejnic na betonovém základě. Pro zmenšení úbytku napětí bylo zesilovací vedení prodlouženo z km 14,8 až do km 18,8 u stanice Loučovice. V roce 1924 byl dráze dodán čtvrtý elektrický vůz. Jeho mechanickou část vyrobila opět firma Ringhoffer, elektrickou výzbroj však dodala firma Českomoravská-Kolben ve Vysočanech. Když se ve dvacátých letech začalo realizovat nové značení hnacích vozidel podle Ing. Kryšpína, byly vozy 22.001-003 označeny jako M 201.001 - M 201.003. Vůz z roku 1924 dostal označení M 201.004 a lokomotiva 1083.01 byla přeznačena na E 200.001. Ve dvacátých letech zajišťovalo provoz 12 vlaků denně. Dráha zaměstnávala v roce 1924 3 úředníky a 41 dělníků, v roce 1938 již jen 20 dělníků. Osobní a nákladní doprava neustále postupně narůstala a původní zařízení dráhy přestávalo těmto výkonům stačit. Proto bylo nutno přistoupit k některým stavebním úpravám stanic. Vzhledem k hrozbě, kterou Vltava v tomto úseku neustále představovala, začala se na Lipně připravovat výstavba velké přehradní hráze. Souběžně se také připravovalo prodloužení železnice z Lipna přes Frymburk do stanice Černá v Pošumaví. Později byla tato trasa dokonce i vytyčena, ale k realizaci nikdy nedošlo.

Po mnichovském diktátu byla trať Kaplice - Horní Dvořiště - Summerau obsazena německým vojskem. Tím se také místní dráha Certlov - Lipno ocitla na okupovaném území. Češi museli odejít a dráha připadla pod řízení Ředitelství říšských drah v Linci. V roce 1939 bylo změněno označení hnacích vozidel. Lokomotiva E 200.001 byla označena jako E 174 01, elektrické vozy M 201.001-003 jako 66.01 - 66.03 a M 201.004 jako 68.01. V roce 1940 došlo k další změně v označení elektrických vozů. Vozy 66.01 - 66.03 byly přeznačeny na ET 187 01 - ET 187 03 a vůz 68.01 na ET 187 11.

V květnu 1940 došlo k havárii v elektrárně. Prasklo oběžné kolo vodní turbíny. Oprava trvala až do konce roku 1940. Bylo proto nutné jezdit na náhradní zdroj - parní stroj. V listopadu ale nastala porucha na parním kotli, jejíž odstranění si vynutilo odstavení parního stroje z provozu rovněž do konce roku. Tím byla elektrárna zcela vyřazena. Elektrický provoz na trati musel být zastaven a po celý prosinec zajišťovala dopravu parní trakce. Začátkem 40. let již původní vozidla nebyla schopna zvládnout zvýšené nároky na dopravu a pravidelné nákladní dopravě musela vypomáhat parní trakce. V roce 1941 vozily 4 páry nákladních vlaků denně parní lokomotivy řady 93.13 - 93.41. V téže době bylo na Ředitelství říšských drah v Linci požadováno dodání čtyř nových elektrických vozů. Současně se ale přestavovala na střídavou proudovou soustavu místní dráha Berchtesgaden - Königsee, tzv. "Königseebahn," která byla do té doby elektrizována stejnosměrnou proudovou soustavou s napětím 1000 V. Z této tratě byly v roce 1942 převedeny do Vyššího Brodu pro osobní dopravu 3 elektrické vozy ET 184 02 - 04 se dvěma odpovídajícími přípojnými vozy EB 184 06 a 16 a dále nákladní elektrický vůz ET 194 01. Tyto dvounápravové vozy obdobných parametrů jako původní vyšebrodské vozy vyrobila v roce 1907 firma M.A.N. s elektrickou výzbrojí AEG. V roce 1943 byla převedena do evidenčního stavu vozidel ve Vyšším Brodě z berlínského ředitelství drah elektrická lokomotiva E 178 01. Měla uspořádání 1 Bo + Bo 1 a byla konstruována pro stejnosměrnou proudovou soustavu 900 V s přívodem třetí kolejnicí. Lokomotiva měla být v železničních dílnách v Linci rekonstruována pro přívod proudu z troleje. Počítalo se s jejím nasazením v nákladní dopravě. Lokomotiva však zůstala až do konce války v dílnách a do Vyššího Brodu se nikdy nedostala. V nákladní dopravě v letech 1943 - 1944 opět vypomáhaly parní lokomotivy. Elektrické vozy ET 184 02 a 04 a oba přípojné vozy, pocházející z dráhy Berchtesgaden - Königsee, byly dne 29. 4. 1944 pronajaty firmě Stern & Haferl GmbH., sídlící v Gmundenu, pro trať Linz - Eferding - Niederspaching a tím z Vyššího Brodu navždy odešly. Jeden z těchto vozů ET 184 02 se zachoval a dnes je používán pod označením ET 22.101 jako historické vozidlo této trati. Je tak nejstarším zachovaným vozidlem, které na vyšebrodské dráze jezdilo.

Zdroj: Hohenfurther elekrische Lokalbahn