V Cechnerově Soupisu kulturních památek je uváděn rožmberský farní kostel jako kostel Panny Marie, což je však chybný údaj. Dle farní pamětnice zde byla plebánie již v roce 1150. Teoreticky je to možné, mohla to být dřevěná kaple nebo kostelík, který patřil k faře Zátoň. První písemný údaj o kostele v Rožmberku pochází až z roku 1277, kdy potvrdil biskup Jan nadání manželky Voka z Rožmberka na zdejší kostel a v roce 1279 Jindřich z Rožmberka odevzdal farní správu vyšebrodskému cisterciáckému klášteru.

Nynější kostel byl z velké části postaven v druhé polovině 15. století. V roce 1465 posvětil Sigmund Pirchan hlavní oltář a loď byla zaklenuta v roce 1480. Již v roce 1488, „byl kostel znovu zaklenut“. Nejspíše se však jednalo o zaklenutí chrámové lodi. Dle zápisů vyšebrodského kláštera byla však klenba kostela v  Rožmberku dokončena až v roce 1583. To se dle všeho týká klenutí nad presbytáři, kde jsou patrny dvě stavební doby. Patky jsou založeny z konce 15. století a klenba, neorganicky na patkách sedící, jeví ráz nejposlednějšího období gotiky, v kterém se po venkově stavělo hluboko do 16. století. Jako většina českých kostelů, byl i farní kostel v Rožmberku od husitských dob do násilné rekatolizace po roce 1621 v rukou kněží pod obojí. 

Farní kostel v Rožmberku je svým exteriérem, opěrným systémem a zejména klenbou presbytáře charakteristickým dílem pozdně gotické rožmberské huti. Trojlodní síň s polygonálním chorem byla postavena na místě staršího kostela při jeho severní věži z roku 1473. Věž se zvedá do čtvercového půdorysu do výše 45 metrů, přičemž hlavní římsa je ve výši 30 metrů a střecha věže je přerušena uprostřed každé strany vikýři, v nichž jsou ciferníky hodin. Vchody do kostela jsou čtyři. Jižní je obložen ostěním a pochází ze 13. století, severní má v předsíňce freskovou malbu Kristus na kříži z počátku 17. století. Trojlodí bylo zaklenuto v roce 1583 síťovou klenbou, pozdně gotická kruchta podklenuta přetínanou klenbou. Chór byl sklenut přetínanou klenbou s vloženými krouženými hvězdicemi z roku 1488, které navazují na klenební obrazce podunajské pozdní gotiky.

V roce 1664 byl vyšebrodským opatem Jiřím Windschuhem kostel znovu vysvěcen. Tehdy měl kromě hlavního oltáře čtyři pobočné: Panny Marie, svatého Václava, svatého Štěpána a svatého Linharta. V roce 1762 byl hlavní oltář vyměněn za nový. V roce 1881 byl celý kostel zvenčí opracován, přičemž byla zničena většina keramických značek.

V roce 1893 byly dány nové varhany a v roce 1900 zřízeny místo barokních nové postranní oltáře v gotickém slohu. Kostel je složen z trojlodí o čtyřech polích, k nimž na východ přiléhá kněžiště o třech polích a v závěru je ze tří stran osmistěn. Mezi severním bokem kněžiště a východní zdí kostela je vestavěna mohutná věž s točitým schodištěm. U obou bočních vchodů jsou předsíně, stejně jako u kněžiště, odkud je vchod na oratoř. Kryt je na strmé valbě věže, sedlové střeše lodi a valbě kněžiště i na přístavbě břidlový. Celá budova, kromě přístavku k oratoři, spočívá na kvádrovém trnoži o skosené vrchní hraně, jež se na rozích prostupuje.

Ve výši 320 cm nad trnožem obíhá stavbu pásová římsa. Na jižní straně kněžiště je pod pásovou římsou mezi dvěma pilíři vybledlá fresková malba představující Smrt Panny Marie o velikosti 340x180cm. Pochází z počátku 17. století a byla tu hrobka Schreinerů. Šest opěráků podporuje zdi kněžiště, z nichž dva jsou kolmo na zdi a čtyři paprskovitě kolem závěru. Věž se zvedá na čtvercovém půdorysu o délce stran 790 cm do výše hlavní římsy, která je 30,5 m nad zemí. Věž je třípatrová a střecha je přerušena uprostřed každé strany vikýři, v nichž jsou ciferníky hodin, a dosahuje výše 45,5 metru. Na východním rohu věže je nad trnožem nápis „W 1413.“ Jižní vchod do kostela má profilaci z konce 13. století. Předsíňka severního vchodu do kostela má zbytky freskové malby Kristus na kříži o velikosti 120x160 cm z počátku 17. století.

Okna v kněžišti jsou čtyři s ostěním o jednom prutu s kružbami. Jedno okno je ze 14. století a zbývající tři pozdně gotická z  konce 15. století. V lodi jsou čtyři hrotitá okna. První na jižní straně od kněžiště má dva pruty, zbývající po jednom prutu. Vnitřek působí velmi příznivě výškovými poměry a bohatými klenbami, při nichž ruší dojem neorganické připojení kleneb na starší patky. Kněžiště je 900 cm široké a 14,5 metru dlouhé. Je 12 m vysoké, hvězdové, s podvléknutými žebry, jež v půdoryse tvoří tři hvězdy sestavené z oblouků. Na jedné klenbové patce je znak s pětilistou růží.

Zdroj: archiv Františka Schussera